Исходя из текста вашего вопроса непонятно, как именно поясняют в МФЦ невозможность постановки на кадастровый учет земельного участка. В любом случае вам необходимо получить от Росреестра мотивированный отказ в письменном виде.
Если причиной невозможности постановки на кадастровый учет будет являться наложение границ, то необходимо устранить данное обстоятельно, провести новое межевание земельного участка и на основании новых данных поставить земельный участок на кадастровый учет.
Альтернативным путем решения вашего вопроса является обращение в суд с исковыми требованиями об отмене постановления об отказе в постановке земельного участка на кадастровый учет и обязании Росреестр осуществить эти действия.
Какой именно путь решения вопроса вам подходит, будет зависеть от самого текста постановления об отказе в постановке земельного участка на кадастровый учет.