Ответ на вопрос дается без учета обстоятельств дела, так как о них не сообщается и не указываетя наименование отмененного документа.
Наличие в решении суда ссылки на отмененный приказом Министра обороны документ не делает его неправильным.
Вместе с тем суды вышестоящих инстанций могут проверить решение суда первой инстанции на предмет правильности применения норм материального права. Рекомендую вам обжаловать решение суда. Апелляционная жалоба может быть подана в течение месяца со дня принятия решения суда в окончательной форме (ч. 2 ст. 321 Гражданского процессуального кодекса РФ).
Суд основывает решение только на тех доказательствах, которые были исследованы в судебном заседании (ч. 2 ст. 195 ГПК РФ).
Доказательствами по делу являются полученные в предусмотренном законом порядке сведения о фактах, на основе которых суд устанавливает наличие или отсутствие обстоятельств, обосновывающих требования и возражения сторон. Эти сведения могут быть получены в том числе из письменных доказательств (ч. 1 ст. 55 ГПК РФ).
Письменными доказательствами являются содержащие сведения об обстоятельствах, имеющих значение для рассмотрения и разрешения дела, акты, договоры, справки, деловая корреспонденция, иные документы и материалы (ч. 1 ст. 71 ГПК РФ).
При принятии решения суд оценивает доказательства, определяет, какие обстоятельства, имеющие значение для рассмотрения дела, установлены и какие обстоятельства не установлены, каковы правоотношения сторон, какой закон должен быть применен по данному делу и подлежит ли иск удовлетворению (ч. 1 ст. 196 ГПК РФ).