Согласно положениям гражданского законодательства РФ (п. 1 ст. 131, п. 2 ст. 223 Гражданского кодекса РФ) срок нахождения недвижимости в собственности определяется с даты государственной регистрации вашего права собственности на это имущество или долю в нем.
Налоговое законодательство не содержит разъяснений о том, каким образом происходит налогообложение налогом на доходы физических лиц при продаже квартиры как единого объекта в случае, если доли в этой квартире приобретались в разное время.
Однако по разъяснениям специалистов финансового и налогового ведомств, если происходит продажа объекта недвижимости, доли в праве собственности на которую приобретены в разное время, то срок нахождения недвижимости в собственности считается по дате первоначальной госрегистрации права собственности на первую из долей (см. письмо Минфина России от 13.01.2015 № 03-04-05/69528, письмо ФНС России от 26.07.2016 № БС-4-11/13524@).
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 НК РФ не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, полученные от продажи объектов недвижимого имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, если имущество приобретено до 1 января 2016 г., и на момент продажи она находилась в вашей собственности три года и более.
Таким образом, поскольку право собственности на квартиру независимо от изменения размера долей в данном праве собственности принадлежит собственнику более трех лет, то доходы, полученные от продажи квартиры, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.