Квартира, купленная по сертификату военнослужащего, в силу п. 2 ст. 34 Семейного кодекса РФ является собственностью лица, получившего целевые выплаты на покупку квартиры. Как собственник муж имеет право выписать из квартиры бывшую жену и совершеннолетнего сына.
Если же жена имеет в квартире долю, то выписать жену без ее согласия не получится. Единственный вариант - вы можете оформить договор дарения вашей доли на третье лицо, и оно уже может осуществить снятие с регистрационного учета в соответствии с тем, что ему ваша жена не является бывшим родственником.