Надо ли платить налог с продажи бездокументарных акций?

Нет, не надо, если акции ЗАО продало физическое лицо. 

В соответствии с п. 17.2 ст. 217 Налогового кодекса РФ не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) в том числе доходы физического лица от реализации акций российских организаций, при условии, что на дату реализации таких акций они непрерывно принадлежали налогоплательщику на праве собственности или ином вещном праве более пяти лет.