Так как имущество приобретено вами до 1 января 2014 г., размер вычета распределяется между совладельцами соответственно их доле в собственности. Отказ в предоставлении вычета вашей супруге основан на отсутствии у нее платежных документов, подтверждающих перечисление средств в оплату своей части квартиры. Перечень платежных документов, подтверждающих оплату, является открытым (см. пп. 6 п. 3 ст. 220 Налогового кодекса РФ).
В связи с тем, что ваша будущая супруга являлась как стороной по договору купли-продажи квартиры, так и стороной по договору ипотеки, но при этом банк открыл счет только на ваше имя, она могла передавать вам денежные средства для внесения на этот счет для последующей уплаты своей части платежей по договорам. А вы могли выдавать ей расписки в получении этих денежных средств и затем отчитываться перед ней – передавать выписки со счета с указанием сумм, перечисленных вами в адрес продавца квартиры, банка (по ипотечному договору) и т.п. Формально такие расписки вполне могут быть отнесены к «другим документам» по смыслу ст. 220 НК РФ, ведь они подтверждают то обстоятельство, что ваша будущая супруга де-факто осуществляла платежи по указанным договорам.