В первую очередь необходимо оговорить, что из вашего вопроса неясно, на каком основании «разъяснения вышестоящего органа управления» не подлежат исполнению. Имеется ли документ, подтверждающий изменение позиции военкомата о неприменении указанных вами разъяснений?
Если имеется, то возможно на основании данного документа ходатайствовать перед судом о рассмотрении дела по вновь открывшимся обстоятельствам.
Однако фальсификации доказательств со стороны ответчика в данном случае не усматривается. Представитель ответчика (уволенный юрист) был вправе представлять суду приведенные вами разъяснения, аргументируя свою позицию.
Повторюсь: вы вправе были представлять свои доказательства, в том числе документ, подтверждающий признание указанных вами разъяснений не подлежащими исполнению, в суды соответствующих инстанций в ходе судебного разбирательства.
В случае если указанные вами разъяснения носят официальный и нормативный характер, можно ходатайствовать о пересмотре дела по новым обстоятельствам на основании п. 1 ч. 4 ст. 392 ГПК РФ — в связи с отменой постановления государственного органа или органа местного самоуправления, послуживших основанием для принятия судебного постановления по данному делу (т.е. в связи с официальной отменой указанных вами «разъяснений»).
Необходимо иметь в виду, что согласно ст. 393 ГПК РФ вступившее в законную силу судебное постановление пересматривается по вновь открывшимся или новым обстоятельствам судом, принявшим это постановление, в вашем случае — судом первой инстанции.
Однако, если информация о неприменении «разъяснений для производства перерасчета» носит с вашей стороны бездоказательный характер, в рассмотрении дела по новым обстоятельствам, скорее всего, будет отказано.
Обращаю внимание, что в случае если не истек срок кассационного обжалования, вы вправе обратиться с кассационной жалобой в порядке, предусмотренным гл. 41 ГПК РФ.
Также в случае пересмотра своей позиции самими представителями Военкомата касательно начисления пенсии (данный вывод можно сделать из текста вашего вопроса) вы вправе заключить с ответчиком мировое соглашение на любой стадии процесса (реализация данного права закреплена в ст. 39, 173 ГПК РФ).