Порядок зачета или возврата сумм излишне уплаченного налога регулируется нормами ст. 78 Налогового кодекса РФ и производится по письменному заявлению налогоплательщика при обращении в налоговый орган по месту налогового учета плательщика.
В соответствии с п. 7 ст. 78 НК РФ заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено законодательством РФ о налогах и сборах.
С учетом обстоятельств, изложенных в вопросе, следует, что трехлетний срок пропущен, но не по вине налогоплательщика, поскольку согласно п. 3 ст. 78 НК РФ налоговый орган обязан сообщить налогоплательщику о каждом ставшем известным налоговому органу факте излишней уплаты налога и сумме излишне уплаченного налога в течение 10 дней со дня обнаружения такого факта.
В данной ситуации необходимо обратиться в налоговый орган с заявлением о возврате излишне уплаченного налога. Однако имеется большая вероятность того, что налоговый орган может отказать произвести указанный возврат в связи с пропуском трехлетнего срока, предусмотренного ст. 78 НК РФ.
Вместе с тем данный вопрос можно решить, обратившись в суд.
В Определении Конституционного Суда РФ от 21.06.2001 N 173-О указано, что в случае пропуска срока, установленного ст. 78 НК РФ, налогоплательщик может обратиться в суд с иском о возврате переплаченной суммы. Требование может быть подано в течение трех лет с момента, когда он узнал или должен был узнать о возникновении переплаты.
Для зачета суммы переплаты по налогу в счет предстоящих платежей по этому или иным налогам необходимо также подать в налоговый орган заявление (п. 4 ст. 78 НК РФ).
Зачесть переплату можно только в счет уплаты налога (пеней по налогу) того же вида (п. 1 ст. 78 НК РФ). Так, например, переплата по местному налогу может быть зачтена только в счет уплаты по этому или другому местному налогу (пеней по ним).