Согласно п. 1 ст. 56 Гражданского кодекса РФ юридическое лицо отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом.
Согласно п. 2 и 3 ст. 55 ГК РФ филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства. Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.
Таким образом, имущество филиала (денежные средства на банковском счете) - это имущество юридического лица, и на него может быть наложено взыскание по исполнительному документу.
Согласно ч. 1 ст. 8 Федерального закона от 02.10.2007 № 229-ФЗ "Об исполнительном производстве" исполнительный документ о взыскании денежных средств или об их аресте может быть направлен в банк или иную кредитную организацию непосредственно взыскателем.