Действительно, для организации ЭДО между организациями оператор ЭДО не является необходимым звеном. И здесь достаточно соглашения между организациями. Однако не все документы будут иметь юридическую силу.
Так, в соответствии с требованиями приказа Минфина России от 10.11.2015 № 174н «Об утверждении Порядка выставления и получения счетов-фактур в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи с применением усиленной квалифицированной электронной подписи» обмен счетами-фактурами, подписанными усиленной квалифицированной электронной подписью, возможен лишь через оператора ЭДО.
Соответственно, если организация получила счет-фактуру с ЭЦП от контрагента напрямую, налоговый вычет по такому счету-фактуре получить не удастся.