В соответствии с положениями ст. 226 НК РФ обязанность по своевременному исчислению, удержанию и перечислению в бюджет НДФЛ с доходов физических лиц, начисленных по трудовым договорам или договорам гражданско-правового характера, возложена на работодателя, как налогового агента.
Если налоговым агентом обнаружены ошибка в исчислении и неполное удержание НДФЛ с доходов сотрудника (причем неважно, из-за какой ошибки это произошло), налоговый агент обязан доудержать НДФЛ с текущих доходов сотрудника.
При этом согласно ст. 138 ТК РФ, по общему правилу, размер удержаний не может быть более 20% от заработной платы при каждой выплате, причитающейся работнику.
В случае, если сотрудник увольняется и доудержать НДФЛ в рамках действующих ограничений будет невозможно, организация-работодатель будет обязана сообщить в налоговые органы сведения о невозможности удержать НДФЛ с доходов налогоплательщика. В этом случае налоговые органы направляют налогоплательщику налоговое уведомление, на основании которого необходимо будет уплатить НДФЛ в бюджет самостоятельно не позднее 1 декабря года, следующего за истекшим налоговым периодом.