В соответствии с п. 2 ст. 49 НК РФ, если денежных средств ликвидируемой организации, в том числе полученных от реализации ее имущества, недостаточно для исполнения в полном объеме обязанности по уплате налогов и сборов, причитающихся пеней и штрафов, остающаяся задолженность должна быть погашена учредителями (участниками) указанной организации в пределах и порядке, установленном законодательством РФ.
Согласно п. 12 постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации" при применении данной нормы необходимо учитывать, что поскольку в законодательстве РФ о налогах и сборах не предусмотрено иное, вменение названным лицам такой обязанности возможно только в том случае, когда в соответствии с гражданским законодательством учредители (участники) ликвидируемого юридического лица несут субсидиарную ответственность по его долгам.
Кроме этого, в п. 3 ст. 123.21 ГК РФ установлено, что учреждение отвечает по своим обязательствам находящимися в его распоряжении денежными средствами, а в случаях, установленных законом, также иным имуществом. При недостаточности указанных денежных средств или имущества субсидиарную ответственность по обязательствам учреждения в случаях, предусмотренных п. 4-6 ст. 123.22 и п. 2 ст. 123.23 ГК РФ, несет собственник соответствующего имущества.
Пунктом 6 ст. 123.22 ГК предусмотрено, что собственник имущества автономного учреждения несет субсидиарную ответственность по обязательствам, связанным с причинением вреда гражданам.
С учетом изложенного можно сделать вывод о том, что учредитель (либо собственник имущества) ликвидируемого автономного учреждения не несет субсидиарную ответственность по налогам при отсутствии имущества учреждения на погашение задолженности.