Ваш случай не относится к положениям ст. 228 НК РФ, когда физические лица самостоятельно исчисляют суммы налога по НДФЛ. Согласно ст. 226 НК РФ российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 ст. 226 НК РФ, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога. Исчисление сумм и уплата НДФЛ производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент. Поэтому в вашем случае, согласно ст. 226 НК РФ, обязанность по исчислению, удержанию и уплате НДФЛ лежит на организации.