Прежде всего рекомендую сверить реквизиты для уплаты налогов с реквизитами ваших платежных поручений.
Если все оплачено корректно, то в «Личном кабинете» на сайте ИФНС, в разделе «Документы налогоплательщика» предусмотрена опция «Обратиться в налоговый орган». В данной опции возможно заполнить и направить обращение в свободной форме с вопросом о несвоевременном отражении в «Личном кабинете» оплаченных налогов, прикрепив к запросу скан-копии платежных поручений, подтверждающих вашу оплату.
Если проблема была только в несвоевременном или некорректном отражении информации в «Личном кабинете», то после того, как сведения о платеже будут учтены в налоговой корректно, пени, начисленные за данный период будут сторнированы в автоматическом режиме.
Если были допущены ошибки в заполнении платежных поручений на уплату налогов, то необходимо будет обратиться в налоговый орган с заявлением по вопросу поиска данных сумм и зачислении на ваш лицевой счет.
Обратите внимание: ответ налоговые органы имеют право предоставить в срок не позднее 30 календарных дней от даты получения запроса согласно п. 4.3.2.3 Регламента организации работы с налогоплательщиками, плательщиками сборов, страховых взносов на обязательное пенсионное страхование и налоговыми агентами, утвержденного приказом ФНС России от 09.09.2005 № САЭ-3-01/444@.