Согласно ст. 174 ГК РФ, если филиал или представительство юридического лица при совершение сделки вышли за пределы своих полномочий на совершение этой сделки, а их права могут быть ограничены договором или положением о филиале или представительстве юридического лица, сделка может быть признана судом недействительной по иску лица, в интересах которого установлены ограничения (в данной ситуации таким лицом является головное отделение банка) лишь в случаях, когда доказано, что другая сторона сделки знала или должна была знать об этих ограничениях.
Таким образом, учитывая обстоятельства и положения ст. 174 ГК РФ, суд может признать вашу сделку недействительной.
Однако необходимо учесть, что при оспаривании сделки, совершенной с нарушением условий осуществления полномочий, доказать, что акционерное общество знало об ограничениях полномочий филиала банка, должно лицо, в интересах которого установлены данные ограничения, т.е. головное отделение банка.